1687年正月初一，在錯那為靈童倉央嘉措安排了較為豐盛的筵席。席間，倉央嘉措說:“今明兩天在布達拉有很多人聚會，要舉行隆重的跳神、祭祀、敬獻哈達等活動。”第巴o桑結嘉措得知后，為了使靈童長久安康，曾頌訟長壽經文，并根據五行星算，進行祈禳、投靈器、贖命等一系列宗教活動；為了使靈童產生學習文字的濃厚興趣，還在色拉寺、哲蚌寺中向文殊菩薩進行祈禱。

　　藏歷土龍年（1688年）3月7日，第巴o桑結嘉措聽取了索朗堅贊關于靈童身體形態、言談舉止、神情觀感等方面的情況匯報，“歡快異常，百感交集”，為秘密尋找靈童的成功而十分高興。25日，又派人送給靈童祜佑神像、凈水、茶葉等禮物，并且安排從布達拉宮朗杰扎倉的多巴卡，以供神的名義選出精細的糌粑定期送往錯那。

　　倉央嘉措被當局認定為轉世靈童后，就開始接受嚴格、系統的教育，1688年10月1日，靈童開始學習文字。由曲杰教授30個字母，其他內容由仲措o浪卡群登給予講授。據稱，靈童聰明異常，開始當天即掌握上、下加字，并能逐一進行拼讀。從1689年開始，靈童同前世一樣，自覺地修持午后不食的戒律，祭奉“九大舞姿神女”之像，并且已有預測吉兇的能力。

　　藏歷金陽馬年（1690年）8月5日，第巴o桑結嘉措派曲杰、珠堅林巴o洛桑歐珠等學問精深的高僧擔任經師，指導靈童正式聞習佛法。8月23日，倉央嘉措八歲時，開始在紙上寫字了。藏歷金羊年（1691年）2月8日，索南堅贊活佛帶回倉央嘉措真跡法詔到第巴o桑杰嘉措尊前；2月11日，倉央嘉措開始誦讀第巴著作《白琉璃》；2月30日，桑杰嘉措回贈唐卡、書信、哈達、佛祖釋迦牟尼像、法王宗喀巴大師像、蓮花生大師三尊像、制勝女神像及平常所用的7副本尊護法神像等物。從此，靈童與第巴之間有了書信往來，他們間的聯絡全由曲杰和索朗堅贊二人來完成。從6月開始頻繁地寫字，并誦讀第巴著作《白琉璃除垢》；7月11日倉央嘉措給第巴發去書有“轉交于第巴”字樣的真跡書信，于13日送達第巴之手；10月2日開始，倉央嘉措學習《內、外、別三種時輪》，背誦《九九表》，練習算術和粉板字。從當年起，倉央嘉措已經默誦諸多平常儀軌頌詞及續部心訣等。

　　自1692年起，錯那宗對靈童的服侍更加周密，而且從拉薩不斷送來制做精美的各地風味食品、水果、衣服及各種用具等，逢年過節都有賀信和禮品。這時靈童身體健康，學習更加勤奮，曾系統學習了五世達賴著的《云裳》、仁蚌巴著的《詩鏡注釋》、《除垢經》、《釋迦百行傳》等，并在此期間完成了《馬頭明王修行法》一文的撰寫。

　　藏歷水陰雞年（1693年）1月10日，倉央嘉措正式寫下了五首著名的馬頭明王頌，時年11歲；2月10日法王卡熱巴到達拉薩，帶回倉央嘉措親自寫的馬頭明王儀軌頌詞和詔書；10月15日，又書寫與馬頭明王頌風格相近的文殊阿熱巴雜儀軌頌詞一文。藏歷木狗年（1694年），倉央嘉措開始誦讀相關密宗儀軌頌詞和部分格魯派的顯宗典籍，當年第巴微染疾病，向倉央嘉措去了求解之信后，得到了詳細的回復。6月22日，倉央嘉措開始學習聲明學即梵文，28日起開始背誦《妙音聲明論》；7月分由于多地流行天花，倉央嘉措親自書寫免去疾病、人丁興旺之祈禱及免災之方。

　　藏歷木豬年（1695年）1月4日上午，倉央嘉措為新僧取法名，并行相關儀軌。5日晚起，他修四座長壽一周。倉央嘉措還親自主持了一系列隆重的供祭法事，祭奠眾護法神祗，特地向護法神母作了五次祭祀。11月11日，第巴等在五世達賴喇嘛靈塔前求卜，靈童何時迎請至布達拉宮之具體良辰吉日，并得出藏歷牛年（1697年）9月或10月為佳的結果。藏歷火鼠年（1696年）3月2日起，倉央嘉措熟記《四部醫典》之《釋續》；8月開始他熟記《三聚經》和宗喀巴大師的《極樂祈禱》。